二代不仅延续了一代的剧情，而且经过重新编排扩充，把轩辕剑的故事演绎得更加丰满完整跌宕起伏。游戏开始采用多线式剧情发展的设定，使情节引人入胜。DOMO小组精心制作了七十余首优美动听的音乐，令游戏增色不少。应该说《轩辕剑》系列是从二代才开始拥有完整的系统设定的，比如人物的基本参数包括：生命值、仙术值、体力值。被敌人击中会降低生命值，使用法术将会损耗仙术值，而使用某种武器则会减少体力值。这种设计使得游戏中的物品极大丰富，因为补充用的药品既可以作用于某一类值，也可以是某两类，或者干脆来个十全大补。作为RPG游戏中重要的组成部分，战斗系统得到了较大的改进和创新。首先是在回合制中加入了即时因素，增加了游戏的紧张感，这种方式一直被沿用至今。除了使用刀剑攻击，更吸引玩家的就是仙术的运用了。例如：施展“冰火轮转符”这样攻击敌人群体的仙术必须同时拥有“祭火符”与“祭云符”；“土地神符”可以在非战斗状态下瞬间脱离迷宫，“祠符”可以重返已去过的城镇；战斗画面一改一代中的单调，而变得丰富多彩。装备上不同的武器不仅仅是攻击力上升，还会表现出不同的攻击效果，而且双手还可以装备不同的兵器，如同时手持两把名剑“干将”和“莫邪”，就会看到两道交叉的截然不同的剑痕。遗憾的是，这种创意并未保留下来。

《轩辕剑》系列的金字招牌——-炼妖系统虽然在一代中就初见端倪，但到了二代才真正发挥其作用。炼妖壶是一把古色古香的青铜方壶，据说由女娲娘娘一手所创。把两种物品放进炼妖壶，就可以出现意想不到的结果，至于究竟何种搭配可以炼出何种物品或是妖怪神仙，只有靠玩家自己去发现了。许多玩家曾在游戏中疯狂地收集各种物品，然后不厌其烦地“大炼钢铁”，每每得到某种奇珍异宝，总是欣喜若狂。这种引起玩家过分关注物品道具的现象恐怕只有《暗黑破坏神》可与之媲美。每种妖魔鬼怪都按照《山海经》种的记述配以简洁的文字说明和图片，让广大玩家增长了见识，同时也更加钦佩DOMO在中国传统文化方面的素养和功底。

故事背景

故事依然以一段远古传说为背景：数百年以来神州大地上生活着众多的种族，大家一直和平共处相安无事。然而有一天，各种族之间的平衡被打破，一场动乱爆发了。游戏主角何然的母亲不幸中毒，在寻求解药的过程中，他渐渐发现原来这场动乱的背后隐藏着一个巨大的阴谋。自从一代中人类与神魔大战之后，魔族就没有一天停止过消灭人类的念头。人类所经受的种种磨难，无不与魔族有着千丝万缕的联系。女娲娘娘所创的炼妖壶中居住着一条上古时期的神龙，因为在壶中孤寂多年，遂生出要到人间兴风作浪的野心。于是扮作壶中仙，表面上不断帮助何然等人斩妖除魔，其实是利用他们达到自己的目的，最终被女娲娘娘揭穿，被何然及其同伴打败，不过并未就此覆灭，只是不知去向。一代中消失的轩辕剑侠也附身于轩辕剑上出现在游戏之中。