安平只是弹丸之地，郑成功的军队又以水师见长，在这里施展不开手脚，所以他耐心地等候着机会。在1647年的上半年，郑成功主要精力放在训练军队，补充战船，并游弋于鼓浪屿、海澄、镇海卫一带。在这些时间里，清朝方面仍然通过郑芝龙劝降郑成功，郑成功不为所动，并写下一首诗以明心志：“天以艰危付吾俦，一心一德赋同仇。最怜忠孝两难尽，每忆庭闱涕泗流。”郑成功自己加了一个注脚：“太师为满酋诱执，迫成功降。再四思量，终无两全之美。痛愤儿不欲生，惟有血战，直渡黄龙痛饮，或可迎归终养耳。屈节污身不为也。”

由于清军大举入粤，在福建的防卫相对空虚，这给福建的南明抗清力量带来了机会。

此时福建的抗清力量有三大部分，其一是郑彩所拥护的鲁监国政权，在闽地抗清力量中实力最强；其二是以郑鸿逵、郑成功为主的原郑家军，拒绝承认鲁监国政权，实力较弱，仅限于金门、安平以及闽南的一些沿海地区；其三是各地纷起的义军，这些义军组织松散，与鲁监国政权与郑氏势力均保持若即若离的状态，虽然人数众多，但各自为战的色彩较浓。

进入1647年后，在福建的鲁监国的武装力量开始出击，从正月开始到六月，鲁监国的军队频频在沿海地区发动进攻，但是这些进攻对清军的威胁并不十分大，从七月份开始，福建抛起一股抗清的高潮，反清义军于七月四日攻克建宁府，之后又攻下建阳、崇安、松溪、政和等地，令清军大为恐慌。

正是在这样的抗清背景下，郑成功这支当时并不醒目的军队，也开始挺进抗清的前线。

七月，郑成功与郑彩联合出击海澄，驻军于祖山头，但是很快清军的援军赶到，在战斗中，郑成功的部将、监军杨期潢战死，首度出师不利。

对于郑成功的出击，他的叔父郑鸿逵有些担心，他写了一封信给郑成功，告诫他首先要保住自己的老巢安平，因为安平是弹丸之地，而且无险可守，如果清军大举进攻，那么安平是很难守住的。郑鸿逵建议郑成功回师安平，乘清军不备之际，进攻泉州，只要夺取泉州，就可以作为长期发展的基地，然后等待机会，养精蓄锐，进而夺取福建。同时郑鸿逵承诺派遣一支军队，以协助郑成功发动泉州战役。

郑鸿逵建议联合郑成功攻占泉州，一方面是福建的抗清运动有了转机，另一方面是由于郑彩与鲁监国政权联合之后，逐渐在福建抗清运动中占据领导地位，如果不积极主动出击，那么日后势必被郑彩与鲁监国集团所吞并。郑成功此时苦于缺少一个可靠的后方，虽然占领了海澄外围的石尾港、九都等地，但未能攻破海澄，所以对郑鸿逵的提议，他积极响应，并很快从海澄返回安平。